Приходящий програмист  

Видимо когда делали, думали, что если стоит только упрощенка, то вроде как счета-фактуры и не нужны. Но на самом деле они часто оказываются нужны, поэтому это недоработка разработчиков. 
Да, логика, очевидно, именно в том, что счет-фактура теоретически должна использоваться только плательщиками НДС. А таковыми являются только организации, применяющие ОСНО и ИПшники, уплачивающие НДФЛ с предпринимательской деятельности (ИП на ОСНО).

"Появление/исчезновение" кнопки организовано путем включения документа "Счета-фактура выданный" (полученный тоже) в функциональные опции "ИспользуетсяНДФЛИП" и "ИспользуетсяОСНО".